目前学校设有教学部、安保部、培训部、驾培部、政治处、办公室、财务部。驾培部实行公司化经营，全称福州闽运驾驶培训有限公司（简称闽运驾校）。
教研室分设6个专业课题组，分别是汽车维修理论课题组、汽车驾驶课题组、汽车客运课题组、内河运输课题组、汽车维修实训课题组以及公共课程课题组。
学校机构设置合理，权责分明，规章制度健全，教职工岗位职责明确。
党支部书记、校长： 吴良洪 校法人代表
分管部门： 财务部
党支部副书记： 施 伟
分管部门： 政治处（校党办、工会、监察室、团委）
办公室
副 校 长： 林 立
分管部门： 教学部（德育办、招生就业办、成教办、教研室、学生会）
培训部
副 校 长： 颜 航
分管部门： 安保部（学生安全保卫科）
驾训部（闽运驾校）
